Historie Krajského vojenského velitelství Praha se začíná utvářet od 31. prosince 1999, kdy na základě zákona č. 218/1999 Sb. vzniká v jeho vývoji první samostatný organizační celek pod označením 21. Velitelství územní obrany. Toto velitelství tehdy zabezpečovalo ve své podřízenosti Okresní vojenské správy v obcích Beroun, Benešov, Kladno, Mladá Boleslav, Mělník, Kolín, Nymburk, Příbram, Rakovník, Praha - Východ, Praha - Západ a Kutná Hora.
Dnem 1. ledna 2003 byla na základě zákona č. 286/2002 Sb. dovršena reorganizace a změna v označení z 21. Velitelství územní obrany na 12. Krajské vojenské velitelství Praha. Uvedeným zákonem došlo ke zrušení všech Okresních vojenských správ, které byly nahrazeny novými podřízenými celky označovaných jako Územní vojenské správy s dislokací v obcích Benešov, Kladno, Kolín a Stará Boleslav.
Výše uvedené územní dělení a působnost 12. Krajského vojenského velitelství Praha je v platnosti do konce roku 2004, kdy se zahájením nového roku vstupuje prvním lednovým dnem roku 2005 v účinnost zákon č. 585/2004 Sb., o branné povinnosti a jejím zajišťování (branný zákon), ve znění pozdějších předpisů a dalších souvisejících zákonů. Tento nový zákon ruší všechny Územní vojenské správy a dává vzniknout novému vojenskému správnímu úřadu s označením Krajské vojenské velitelství Praha, které přebírá jejich celkové kompetence v působnosti na území celého Středočeského kraje.
V čele krajského vojenského velitelství je ředitel, kterým je voják z povolání a o jeho služebním zařazení rozhoduje ministr obrany. Vykon státní správy se řídí podle výše citovaného zákona. Jeho místní příslušnost se řídí místem trvalého pobytu fyzických osob nebo sídlem právnických osob. Územním obvodem KVV Praha je území Středočeského kraje se sídlem v Praze. Jako vojenský orgán současně plní úkoly obrany státu. Zřizovatelem a odvolacím orgánem je Ministerstvo obrany České Republiky.
